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文章分享|ChIP-seq：如何解開(kāi)擬南芥復(fù)制應(yīng)激謎團(tuán)？2025/05/13: 2023年7月，在《MolecularPlant》期刊上發(fā)表的一篇研究論文“DistinctiveａndcomplementaryrolesofE2Ftranscriptionfactorsduringplantreplicationstressresponses”，該研究以擬南芥為對(duì)象，探究E2FA和E2FB轉(zhuǎn)錄因子在植物應(yīng)對(duì)復(fù)制應(yīng)激反應(yīng)中的作用。DNA精確復(fù)制對(duì)生物遺傳穩(wěn)定性至關(guān)重要，但多種因素會(huì)引發(fā)復(fù)制應(yīng)激，威脅基因組完整性。植物受脅迫時(shí)觸發(fā)的DDR可能與復(fù)制應(yīng)激增加有關(guān)，其DDR依賴AT

一文速覽 CUT&Tag 技術(shù)！2025/05/13: 在表觀遺傳學(xué)的研究領(lǐng)域中，蛋白質(zhì)與DNA的相互作用一直是探索基因表達(dá)調(diào)控奧秘的關(guān)鍵所在。而CUT&Tag（CleavageUnderTargets&Tagmentation）技術(shù)，即靶向剪切及轉(zhuǎn)座酶技術(shù)，作為一種高效的研究手段，正逐漸成為眾多科研人員的得力助手。什么是CUT&Tag技術(shù)？CUT&Tag技術(shù)是一種高效研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的表觀遺傳學(xué)方法。它憑借自身的技術(shù)原理和顯著優(yōu)勢(shì)，在生命科學(xué)研究領(lǐng)域大放異彩。核心原理l抗體引導(dǎo)靶向結(jié)合使用特異性抗體（一抗）識(shí)別并結(jié)合目標(biāo)蛋白（如轉(zhuǎn)錄因子、

三大技術(shù)如何聯(lián)手揭開(kāi)PAC1腫瘤免疫的神秘面紗？2025/05/13: 在醫(yī)學(xué)研究前沿，腫瘤免疫治療是備受矚目的“主戰(zhàn)場(chǎng)”?？蒲腥藛T努力尋找新靶點(diǎn)和治療新機(jī)制，卻困難重重。腫瘤微環(huán)境抑制T細(xì)胞功能，讓宿主抗腫瘤防線脆弱。T細(xì)胞功能障礙的真相不明，現(xiàn)有免疫治療手段難以治愈腫瘤。此時(shí)，尋找T細(xì)胞特異性抑制途徑成為破局關(guān)鍵。而CUT&Tag、ATAC-seq和ChIP-seq這三大技術(shù)，宛如三把“神兵利器”，在這場(chǎng)與腫瘤的較量中發(fā)揮了關(guān)鍵作用。經(jīng)典文獻(xiàn)解讀2020年1月，在《NatureImmunology》發(fā)表的題為“ThephosphatasePAC1actsasaT

染色質(zhì)開(kāi)放性測(cè)序（ATAC-seq）2025/04/30: 技術(shù)簡(jiǎn)介染色質(zhì)開(kāi)放性測(cè)序（AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing，ATAC-seq），一種用于檢測(cè)染色質(zhì)開(kāi)放性的高通量測(cè)序技術(shù)，通過(guò)Tn5轉(zhuǎn)座酶切割并標(biāo)記開(kāi)放的染色質(zhì)區(qū)域，從而揭示基因組中調(diào)控元件（如增強(qiáng)子、啟動(dòng)子）的位置和活性。技術(shù)原理在真核生物中，DNA并不是裸露存在的，而是與組蛋白等結(jié)合形成染色質(zhì)。染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)狀態(tài)會(huì)影響基因的表達(dá)，那些處于開(kāi)放狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域，更容易與轉(zhuǎn)錄因子等蛋白結(jié)合，進(jìn)而啟動(dòng)基因的轉(zhuǎn)錄過(guò)程。ATAC

ATAC-seq開(kāi)啟新視角：探索Shox2基因沙漠的神秘功能2025/04/30: 2024年7月，發(fā)表在《NatureCommunications》的一篇文章“AgenedesertrequiredforregulatorycontrolofpleiotropicShox2expressionａndembryonicsurvival”，聚焦Shox2基因下游的基因沙漠，綜合運(yùn)用多種前沿技術(shù)，揭示了基因沙漠在調(diào)控Shox2基因多效性表達(dá)、胚胎存活及組織發(fā)育中的關(guān)鍵作用。該研究中，ATAC-seq技術(shù)發(fā)揮了重要作用。它通過(guò)檢測(cè)染色質(zhì)的可及性，幫助研究人員篩選出在心臟組織中特異性開(kāi)

ChIP-seq（染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序）2025/04/27: 技術(shù)簡(jiǎn)介染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序（ChromatinImmunoprecipitationSequencing，ChIP-seq）是一種將染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）與二代測(cè)序技術(shù)（NGS）相結(jié)合，用于研究蛋白質(zhì)與DNA的相互作用的技術(shù)。技術(shù)原理將染色質(zhì)免疫共沉淀和高通量測(cè)序相結(jié)合，通過(guò)目的蛋白的特異性抗體，將目的蛋白-DNA復(fù)合物沉淀下來(lái)，從而獲取該目的蛋白結(jié)合的DNA。再通過(guò)DNA高通量測(cè)序，獲得該蛋白在染色體上的分布情況。利用該技術(shù)不僅可以檢測(cè)轉(zhuǎn)錄因子在全基因組上的結(jié)合位點(diǎn)，還可以研究各種組蛋白

《Nature》|揭秘TH17細(xì)胞分化“開(kāi)關(guān)”：ChIP-seq 技術(shù)破解基因調(diào)控密碼2025/04/27: 2017年發(fā)表在Nature上的“ReversingSKI–SMAD4-mediatedsuppressionisessentialforTH17celldifferentiation”的文章揭示了TGFβ的“反向調(diào)控”策略：正常情況下，SMAD4蛋白與抑制因子SKI形成復(fù)合物，像“基因剎車”一樣抑制TH17核心轉(zhuǎn)錄因子RORγt的表達(dá)；而TGFβ通過(guò)誘導(dǎo)SKI降解，解除這一抑制，最終激活TH17分化程序。更重要的是，研究發(fā)現(xiàn)的SKI-SMAD4信號(hào)軸，為靶向調(diào)控TH17細(xì)胞提供了全新治療靶點(diǎn)。

客戶文章|DAP-seq技術(shù)助力揭秘葡萄耐冷性的糖代謝調(diào)控機(jī)制2025/04/27: 2025年4月8日，中國(guó)科學(xué)院武漢植物園辛海平研究員團(tuán)隊(duì)在Plant,Cell&Environment期刊(IF=6.1)上發(fā)表了題為“VaEIN3.1‐VaERF057‐VaFBA1ModulePositivelyRegulatesColdTolerancebyAccumulatingSolubleSugarinGrapevine”的研究論文，旨在揭示VaEIN3.1-VaERF057-VaFBA1模塊如何通過(guò)調(diào)控可溶性糖積累增強(qiáng)葡萄耐冷性，為抗逆分子育種提供新靶點(diǎn)。該研究利用DAP-seq技

DAP-seq技術(shù)助力揭示擬南芥根基本組織發(fā)育的調(diào)控機(jī)制2025/04/21: 2024年11月18日，蘭州大學(xué)黎家教授團(tuán)隊(duì)在《CurrentBiology》（IF=8.1）發(fā)表了題為“ThreeRLKsintegrateSHR-SCRａndgibberellinstoregulaterootgroundtissuepatterninginArabidopsisthaliana”的研究論文，該研究揭示了受體激酶ARH1、FEI1和FEI2共同調(diào)控根基本組織發(fā)育的分子機(jī)制，并借助DAP-seq技術(shù)發(fā)現(xiàn)SHR和SCR可能通過(guò)與其他調(diào)節(jié)蛋白的相互作用來(lái)抑制這些RLK的表達(dá)。研究背

DAP-seq（DNA親和純化測(cè)序）2025/04/14: 無(wú)需特異性抗體，無(wú)需轉(zhuǎn)基因材料，物種不限（動(dòng)物，植物，微生物），高通量檢測(cè)轉(zhuǎn)錄因子在全基因組的結(jié)合位點(diǎn)藍(lán)景科信擁有200+物種，3000+轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)，周期短，口碑好，助力客戶發(fā)表高分文章Cell，MolPlant，PlantCell，PlantPhysiol，PlantBiotechnolJ，JIntegrPlantBio，NewPhytol等。在基因功能組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TranscriptionFactorBindingSites,TFBS）的發(fā)掘一直是研究熱

客戶文章（Plant Com) ▏DAP-seq助力揭示甘藍(lán)型油菜早花的遺傳機(jī)制2025/04/14: 突破性發(fā)現(xiàn)！油菜BnaC3.LFY基因內(nèi)含子變異調(diào)控開(kāi)花時(shí)間，助力精準(zhǔn)育種。DAP-seq和RNA-seq聯(lián)合分析雙劍合璧，結(jié)合SV-GWAS結(jié)果，從多個(gè)維度進(jìn)行深度的數(shù)據(jù)挖掘，更全面、更深入地理解生命活動(dòng)的奧秘。2025年3月15日，浙江大學(xué)朱楊課題組在《PlantCommunications》（IF=9.4）上發(fā)表了題目為“TheIntronicStructureVariationofRapeseedBnaC3.LEAFYRegulatestheTimingofInflorescenceFo

多聚核糖體分析（Polysome Profiling）2025/04/14: 技術(shù)簡(jiǎn)介基因表達(dá)在多個(gè)層面上受到調(diào)控，包括：表觀遺傳水平調(diào)控、轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控、翻譯水平調(diào)控以及翻譯后修飾調(diào)控。其中，翻譯調(diào)控控制著蛋白質(zhì)的生物合成以響應(yīng)生理和病理的變化。而且，翻譯水平的調(diào)控也深刻影響了蛋白質(zhì)的豐度。研究翻譯水平的調(diào)控機(jī)制，有助于深入理解基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制，并且可以解釋轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組分析之間的差異。多聚核糖體分析（Polysomeprofiling）是研究翻譯調(diào)控機(jī)制常用的技術(shù)。Polysomeprofiling通過(guò)蔗糖密度梯度超速離心分離freemRNA、40S和60S核糖體亞基

RNA免疫共沉淀測(cè)序（RIP-seq）2025/04/14: 技術(shù)簡(jiǎn)介RNA免疫共沉淀測(cè)序（RNAImmunoprecipitationSequencing,RIP-seq）是一種將RNA免疫共沉淀（RIP）與二代測(cè)序技術(shù)（NGS）相結(jié)合，用于研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白相互作用的技術(shù)。技術(shù)原理利用目標(biāo)蛋白的特異性抗體將相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái)，經(jīng)過(guò)富集和純化后，對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序，從而在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)分析細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白的結(jié)合情況，揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白（RBP）的相互作用，包括非編碼RNA與蛋白的互作。實(shí)驗(yàn)流程圖應(yīng)用領(lǐng)域

Ribo-seq——檢測(cè)正在翻譯的RNA信息，連接轉(zhuǎn)錄組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)的橋梁2025/04/10: Ribo-seq技術(shù)原理翻譯（Translation）是基因表達(dá)的關(guān)鍵步驟，是指信使RNA（mRNA）攜帶的遺傳信息被核糖體解碼并轉(zhuǎn)化為特定氨基酸序列的過(guò)程。蛋白質(zhì)翻譯的調(diào)控是高度精準(zhǔn)、多層次、動(dòng)態(tài)化的過(guò)程。在全基因組水平上，轉(zhuǎn)錄與翻譯經(jīng)常存在顯著差異。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序鑒定的上調(diào)表達(dá)基因中，只有其中20%在蛋白水平上調(diào)。核糖體印跡測(cè)序（Ribosomeprofiling,Ribo-seq），能夠精細(xì)解析細(xì)胞內(nèi)的翻譯過(guò)程。Ribo-seq的技術(shù)核心是識(shí)別與核糖體結(jié)合的RNA，以及正在被翻譯的約30個(gè)

RBP研究技術(shù)RIP-seq+Polysome profiling2025/04/08: 【RNA結(jié)合蛋白ARID5A驅(qū)動(dòng)IL-17依賴性自身抗體誘導(dǎo)的腎小球腎炎】自身抗體介導(dǎo)的腎小球腎炎（AGN）是由腎臟炎癥失調(diào)引起的重大健康問(wèn)題，盡管現(xiàn)有的治療方法可以提高生存率，但效果有限，而且副作用嚴(yán)重。因此，迫切需要改進(jìn)的治療方法。IL-17在AGN中的作用已被廣泛研究，但其下游的分子信號(hào)以及調(diào)控機(jī)制仍不清楚。最近研究發(fā)現(xiàn)，RNA結(jié)合蛋白ARID5A(AT-richinteractivedomain-containingprotein5a)在AGN中顯著上調(diào)，并在IL-17依賴性腎臟炎癥中發(fā)

m6A MeRIP-seq聯(lián)合Ribo-seq的研究思路2025/04/03: 文章題目：METTL16exertsanm6A-independentfunctiontofacilitatetranslationａndtumorigenesis發(fā)表期刊：NatureCellBiology(5年影響因子：24.2)研究單位：BeckmanResearchInstituteofCityofHope，TheUniversityofChicago，CityofHopeComprehensiveCancerCenter等。主要內(nèi)容：METTL16作為一種最近被鑒定的RNA甲基轉(zhuǎn)移酶，

Cell文獻(xiàn)：轉(zhuǎn)座子外顯化構(gòu)成了一個(gè)受進(jìn)化選擇的功能蛋白質(zhì)亞型儲(chǔ)庫(kù)2025/03/24: 轉(zhuǎn)座子（TransposableElements，TEs），又稱轉(zhuǎn)座元件，指在基因組中能夠移動(dòng)或復(fù)制，并可以整合到基因組新位點(diǎn)的一段DNA序列。可變剪接（AlternativeSplicing，AS），又稱選擇性剪接，是指從一個(gè)mRNA前體中通過(guò)不同的剪接方式產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體的過(guò)程。可變剪接在真核生物中廣泛存在，為蛋白質(zhì)組提供了多樣性?？勺兗艚右圆煌姆绞皆鰪?qiáng)蛋白質(zhì)的多樣性，包括通過(guò)轉(zhuǎn)座子的外顯子化。最近的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析確定了數(shù)千個(gè)具有外顯子化轉(zhuǎn)座元件的未注釋剪接轉(zhuǎn)錄本，但它們對(duì)蛋白質(zhì)

喜報(bào)！又一篇Mol Plant文章發(fā)表！DAP-seq技術(shù)助力客戶挖掘水稻香氣調(diào)控機(jī)制2025/03/17: 捷報(bào)頻傳！繼頂刊Cell、兩篇MolecularPlant之后，我們的客戶再下一城，又一研究成果強(qiáng)勢(shì)登陸MolecularPlant！本期，小編將帶您深入解讀這篇最新發(fā)表的文章，希望能為您的科研之路帶來(lái)啟發(fā)與靈感！2024年11月11日，海南大學(xué)/崖州灣國(guó)家實(shí)驗(yàn)室羅杰教授團(tuán)隊(duì)在《MolecularPlant》（IF=17.1）發(fā)表了題為“Volatilome-basedGWASidentifiesOsWRKY19ａndOsNAC021askeyregulatorsofricearoma”的研究論

利用dDAP-seq技術(shù)解析轉(zhuǎn)錄因子的DNA結(jié)合特性2025/03/07: 文章名稱：DoubleDAP-sequncoveredsynergisticDNAbindingofinteractingbZIPtranscriptionfactors期刊：Naturecommunications發(fā)表時(shí)間：2023年5月5日一、研究背景轉(zhuǎn)錄因子（TF）相互作用對(duì)基因表達(dá)的組合調(diào)控至關(guān)重要，bZIP轉(zhuǎn)錄因子的二聚化對(duì)其功能發(fā)揮意義重大，但同源和異源二聚體在DNA結(jié)合和功能特異性方面的分子機(jī)制尚不清楚。此前研究多使用合成寡核苷酸，無(wú)法充分體現(xiàn)基因組的序列多樣性和結(jié)合位點(diǎn)背景。為深

motif分析工具——MEME-CHIP2025/03/03: 揭秘基因調(diào)控的鑰匙：深度解析MEME-CHIP，你的motif分析神器你是否好奇基因是如何被精確調(diào)控的？DNA中的“密碼片段”——motif，正是轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的關(guān)鍵位點(diǎn)，它們?nèi)缤蜷_(kāi)關(guān)，控制著生命活動(dòng)的節(jié)奏。今天，我們將帶你認(rèn)識(shí)一款強(qiáng)大的motif分析工具M(jìn)EME-CHIP，從功能亮點(diǎn)到實(shí)操指南，一文掌握！一、Motif分析：為什么選擇MEME-CHIP？Motif是DNA、RNA或蛋白質(zhì)中頻繁出現(xiàn)的短序列模式，能通過(guò)結(jié)合其他分子調(diào)控基因表達(dá)。目前主流工具包括HOMER（HomerSoftwa

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