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客戶文章|DAP-seq助力揭示SmHSFA8調(diào)控茄子耐熱性機制

來源:藍景科信河北生物科技有限公司   2024年12月23日 16:45  

2024年12月17日,華南農(nóng)業(yè)大學園藝學院曹必好教授團隊在Plant, Cell & Environment(中科院一區(qū)Top期刊,影響因子7.6)在線發(fā)表了題為SmHSFA8 enhances the heat tolerance of eggplant by regulating the SmEGY3-SmCSD1 module and promoting SmF3H-mediated flavonoid biosynthesis的研究論文。該文章借助DAP-seq技術(shù)探究了SmHSFA8通過調(diào)控SmEGY3-SmCSD1模塊和SmF3H介導的類黃酮生物合成提高茄子耐熱性的分子機制。

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研究背景

茄子的幼苗、花器官和果實均會受到高溫脅迫的影響。高溫脅迫嚴重影響了茄子的生長發(fā)育、生產(chǎn)以及商品價值。然而,關于茄子耐熱調(diào)控的分子機理尚不清晰。該團隊前期篩選和鑒定了耐熱型和熱敏型茄子材料,分析了它們在高溫脅迫下生理生化的差異;對高溫脅迫下耐熱型和熱敏型茄子材料進行了轉(zhuǎn)錄組測序分析,篩選和鑒定出候選高溫響應基因SmEGY3;并探究了SmEGY3-SmCSD1模塊在茄子調(diào)控耐熱中的分子機制。

研究結(jié)果

以SmEGY3作為誘餌蛋白,通過酵母雙雜交(Y2H)實驗篩選到了熱激轉(zhuǎn)錄因子 SmHSFA8,并通過熒光素酶互補成像(LCI)和雙分子熒光互補(BiFC)等實驗證實 SmHSFA8 SmEGY3 相互作用。此外,酵母單雜交(Y1H)、凝膠遷移實驗(EMSA)和雙熒光素酶報告(DLR)實驗表明 SmHSFA8 可結(jié)合 SmEGY3 啟動子并激活其表達,且兩者相互作用增強了 SmEGY3 SmCSD1 的激活功能。這些結(jié)果表明 SmHSFA8 可能參與調(diào)控茄子的耐熱性。

通過病毒誘導的基因沉默(VIGS)和過表達實驗,結(jié)果表明SmHSFA8正調(diào)控茄子的耐熱性。

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1 SmHSFA8SmEGY3的互作及活性分析

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2 SmHSFA8正調(diào)控植物的耐熱性

為了闡明 SmHSFA8 調(diào)控茄子耐熱性的分子機制,作者進行了DAP - Seq實驗。基于兩次重復,共鑒定出2272SmHSFA8 結(jié)合峰,其中12.59% 位于靶基因的啟動子區(qū)域,有286個基因。使用 Meme-ChIP鑒定出六個具有高可信度的motif,這些motif可能是 SmHSFA8 的結(jié)合位點,其中基序36的序列與HSFs 結(jié)合位點的典型基序HSEs高度相似,并找到了SmHSPs基因:SmHSP70SmHSP70BSmHSP21。KEGG分析顯示SmHSFA8 的靶基因參與多個代謝過程,如類黃酮生物合成,SmF3H同樣參與類黃酮生物合成過程。經(jīng)過HTT(高溫處理)后,SmHSP70B、SmHSP21SmF3H在耐熱茄子品系中的表達量高于熱敏茄子品系。

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3 使用DAP – Seq技術(shù)鑒定SmHSFA8在全基因組的結(jié)合位點

凝膠遷移實驗(EMSA)、酵母單雜交(Y1H)、雙熒光素酶報告(DLR)等實驗結(jié)果表明,SmHSP21、SmHSP70、SmHSP70BSmF3H是SmHSFA8的下游靶基因。SmHSFA8能調(diào)控茄子中SmHSPsSmF3H基因的表達以及類黃酮的生物合成。通過VIGS沉默SmF3H降低了茄子的類黃酮含量和耐熱性,此外,外源類黃酮處理減輕了HTS對茄子的損害。

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4 SmHSFA8結(jié)合SmHSP70、SmHSP70B、SmHSP21啟動子并激活其表達

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5 SmHSFA8調(diào)控植物F3H表達和類黃酮含量

研究結(jié)果與結(jié)論

SmHSFA8是茄子耐熱性的重要調(diào)節(jié)因子。在高溫脅迫下,SmHSFA8基因上調(diào)表達;隨后,SmHSFA8激活SmHSPs基因的表達,介導SmEGY3-SmCSD1模塊和促進SmF3H介導的類黃酮生物合成,進而調(diào)控茄子的耐熱性。本研究為開展茄子抗逆分子育種和選育茄子耐熱材料提供有用的基因資源和理論依據(jù)。

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6 SmHSFA8調(diào)控茄子耐熱性的工作模式

藍景科信可提供DAP-seq全流程技術(shù)服務和個性化數(shù)據(jù)分析,具有100多個物種,2000多個轉(zhuǎn)錄因子的實驗經(jīng)驗。已協(xié)助很多客戶成功發(fā)表文章。例如:Molecular Plant,The Plant CellPlant Physiology,Plant Biotechnology Journal,Journal of Integrative Plant Biology,New Phytologist,Cell等。


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