熒光定量PCR儀可標(biāo)記有熒光素的探針與模板DNA混合后，完成高溫變性，低溫復(fù)性，適溫延伸的熱循環(huán)，并遵守聚合酶鏈反應(yīng)規(guī)律，與模板DNA互補配對的探針被切斷，熒光素游離于反應(yīng)體系中，在特定光激發(fā)下發(fā)出熒光，隨著循環(huán)次數(shù)的增加，被擴增的目的基因片段呈指數(shù)規(guī)律增長，通過實時檢測與之對應(yīng)的隨擴增而變化熒光信號強度，求得CT值，同時利用數(shù)個已知模板濃度的標(biāo)準(zhǔn)品作對照，即可得出待測標(biāo)本目的基因的拷貝數(shù)。
熒光定量PCR儀的PCR反應(yīng)過程的關(guān)鍵是升、降溫過程的時間控制，要求越短越好，當(dāng)PCR儀的降溫過程超過60s，就應(yīng)該檢查儀器的制冷系統(tǒng)，對風(fēng)冷制冷的熒光定量PCR儀要較*地清理反應(yīng)底座的灰塵；對其他制冷系統(tǒng)應(yīng)檢查相關(guān)的制冷部件。
PCR儀清洗：
1．樣品池的清洗
先打開蓋子，后用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，用棉簽吸干剩余液體；打開熒光定量PCR儀，設(shè)定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發(fā)去除。一般5～10min即可。
2．熱蓋的清洗
對于熒光定量PCR儀當(dāng)有熒光污染出現(xiàn)，而且這一污染并非來自樣品池時；或當(dāng)有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔鏡干凈，無污物阻擋光路。
3．熒光定量PCR儀外表面的清洗
清洗儀器的外表面可以除去灰塵和油脂，但達(dá)不到消毒的效果。選擇沒有腐蝕性的清洗劑對PCR儀的外表面進行清洗。
